Конфигурационный файл находится по адресу /etc/phpmyadmin/config.inc.php.
Vesta использует в своей работе обычную версию phpmyadmin, которую можно установить из подключенных репозиториев в системе.
Для обновления phpmyadmin в vestacp достаточно выполнить вход на сервер через SSH и воспользоваться стандартным пакетным менеджером в системе yum и выполнить соответствующую команду по обновлению системного пакета.
Если по какой-то причине не хочется использовать репозиторий, можно просто положить свежие исходники в соответствующий каталог — /usr/share/phpMyAdmin.