Мы рекомендуем использовать наши NS-сервера, так как они распологаются в 4-х разных географических точках и расчитаны на высокие нагрузки. Но если всё же вы решили использовать свои, то в данной статье описывается как это можно сделать.
Для настройки своих NS вида ns1.yourdomain.com и ns2.yourdomain.com необходимо заказать дополнительный IP адрес (IP адрес для каждого NS сервера должен быть свой).
После этого в разделе ISPmanger "Настройки сервера" пункт "Возможности" добавить "Сервер имён (DNS)".
Указать в разделе "Настройки" пункт "Настройки DNS" имена NS серверов.
Остальное по инструкции от - ISPsystem