При добавление нового домена в cPanel (например: newdomain.com), в раздел дополнительные домены, автоматически создается субдомен с логином нового домена (Имя пользователя субдомена / FTP) + основной домен (например это будет выглядеть так: newdomain.maindomain.com), удалить или отменить его создание не возможно.
Что бы запретить индексацию и просмотр сайта через субдомен, необходимы выполнить следующее
В директорию дополнительного домена newdomain.com (это будет так же директорией для вашего субдомена: newdomain.maindomain.com), в .htaccess добавьте следующие строки:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^newdomain.maindomain.com
RewriteRule (.*) http://newdomain.com/$1 [R=301,L]
Это будет выполнять permanent redirect на новый домен. Через некоторое время поисковики "забудут" о newdomain.maindomain.com, т.к. получение 301 ([R=301,L]) кода подразумевает "постоянное перемещение".
Код 302 ([R=302,L]), обозначает временное перемещение и используется к примеру что бы перебрасывать пользователей с всех страниц (иначе он переиндексирует страницу когда там нет информации) на определенную на которой указывается что ведутся временные работы на сайте или в других аналогичных случаях. Тогда поисковые системы не будут "забывать" о существующих в базе адресах.